由氨基酸组成的多肽数目惊人，情况十分复杂，由100个氨基酸聚合成线形分子，可能形成20100种多肽。仅由Gly、Val、Leu三种氨基酸就可组成六种三肽。因此，多肽结构的确定，尤其是长链多肽结构的确定是一个相当重要也相当复杂的工作。纯的、单一的多肽是保证肽结构确证的前提条件。杭州专肽生物可对多肽提供1-5种检测报告。

多肽的结构分析方法

(一) 质谱

经典的多肽测序方法包括N末端序列测定的化学方法，如 Edman法、C末端酶解方法及C末端化学降解法等，这些方法都存在一定缺陷。例如作为多肽和蛋白质序列测定标准方法的N末端氨基酸苯异硫氰酸酯( phenylisothiocyanate，PITC)分析法(即 Edman法，又称PTH法)，测序速度较慢(每天50个氨基酸残基);样品用量较大(nmol级或几十pmol级);对样品纯度要求很高;对修饰氨基酸残基往往会产生错误识别，而对N末端保护的肽链则无法测序。C末端化学降解测序法则由于无法找到PITC这样理想的化学探针，仍面临着很大的困难。在这种背景下，质谱( mass spectrometry，MS)由于具有较高的灵敏度、准确性、易操作性而备受关MS用于多肽序列测定时，灵敏度及准确性随分子量增大而明显降低，所以采用MS进行多肽序列分析比蛋白质简单，许多研究均是以多肽作为分析对象。近年来随着电喷雾电离质谱( electrospray ionisation，ES)及基质辅助激光解吸质谱( matrix assisted laser desorption/ Ionization，MALD)等质谱软电离技术的发展与完善，使极性大分子多肽的分析成为可能，检测限可达fmol级，可测定的分子量范围则高达100kDa。目前MALD已成为测定生物大分子尤其是蛋白质、多肽分子量和一级结构的有效工具。