荧光标记物质在蛋白的功能研究、药筛选等领域也有着应用。利用荧光标记的多肽来检测目标蛋白的活性，并将其发展的高通量活性筛选方法应用于靶点蛋白的药筛选和药开发(例如，各种激酶、磷酸酶、肽酶等)。

荧光标记所依赖的化合物称为荧光物质。荧光物质是指具有共轮双键体系化学结构的化合物，受到紫外光或蓝紫光照射时，可激发成为激发态，当从激发态恢复基态时，发出荧光。荧光标记技术指利用荧光物质共价结合或物理吸附在所要研究分子的某个基团上，利用它的荧光特性来提供被研究对象的信息。荧光标记具有的无放射物污染，操作简便等优点。

荧光标记心肌细胞的制备：

体外培养心肌细胞,用100 TCID50B3 (CVB3)感染心肌细胞,建立实验模型,然后分别用0.02mmol/L,0.2mmol/L,2mmol/L三种不同浓度的PD处理感染CVB3,用细胞免疫荧光技术标记纤维状肌动蛋白(F-actin)和VEGF蛋白,四唑蓝比色法(MTT Assay)测定心肌细胞活性,流式细胞仪检测各组VEGF蛋白和F-actin平均荧光强度.

结果：0.02mmol/L和0.2 mmol/L PD无作用.2 mmol/L PD有作用;免疫荧光显微镜下观察,对照组骨架破坏,VEGF蛋白解聚,重构;0.02 mmol/L和0.2 mmol/L PD处理后F-actin和VEGF蛋白分布均有所恢复;流式细胞仪测得各浓度PD处理组F-actin和VEGF蛋白表达量均高于对照组(P<0.05).